1944-1990
Le Métropolite Alexandre s’installa à Stockholm.
En 1948 il mit en place un nouveau Conseil d’Administration (le Synode d’alors), composé de 8 membres (5 prêtres et 3 laïcs). Ce Synode veillait sur les besoins du clergé, publiait des livres liturgiques et maintenait le contact avec les communautés en exil.
Dans une de ses lettres, datée du 27 avril 1950, le Métropolite Alexandre écrivit qu’il ne lui était plus possible de recevoir la moindre information ni de garder le contact avec l’Estonie en raison de la censure existante et parce que tous ses proches étaient systématiquement arrêtés. Il mourut en octobre 1953. En décembre de la même année l’Archiprêtre Jüri Välbe fut consacré évêque avec le titre de Ravenne. Il décéda subitement le 3 août 1961 et ce fut, dans un premier temps, l’Archevêque de Thyatire Athenagoras (Londres) qui fut chargé des communautés orthodoxes estoniennes en exil en sa qualité de locum tenens et par la suite le Métropolite Paul de Suède et des Pays Scandinaves (Stockholm).
Durant l’occupation soviétique, bien plus que les souffrances de toutes sortes que subissait le peuple, il convient d’ajouter cette évidence que les évêques du Patriarcat de Moscou en Estonie ne firent rien ou si peu pour protéger les paroisses estonophones. Leur souci premier consistait à défendre les grosses paroisses russophones ainsi que le monastère de Pühtitsa. A cela s’ajoutait l’échange des populations : des centaines ou des milliers de personnes, pour la plupart des russophones, furent introduites depuis les différentes régions de l’Union Soviétique (ainsi par exemple, entre 1944 et 1945, les arrestations et les exécutions représentent, en proportion, l’équivalent d’un peu moins de six millions de Français). Progressivement les Estoniens devinrent de la sorte, dans leur propre pays, minoritaires au sein de l’Orthodoxie et cette situation perdure jusqu’à ce jour. De même, une partie du territoire du Setumaa fut rattachée à la Fédération de Russie, divisant ainsi définitivement son peuple en deux entités, l’une en Estonie et l’autre en Russie.