1996
Le 4 janvier 1996, le Patriarche Oecuménique envoya une lettre pastorale à « toutes les communautés orthodoxes d’Estonie », dans laquelle il manifestait son désir de réactiver le Tomos d’Autonomie de 1923. Cette lettre exprimait aussi ses espérances de voir tous les Orthodoxes d’Estonie réunis dans une seule et même Eglise, au sein de laquelle s’organiserait un diocèse spécifique pour les paroisses russophones.
Le 16 janvier 1996, une délégation du Patriarcat Oecuménique, comprenant aussi l’Archevêque Jean de Finlande et un de ses prêtres, se rendit en Estonie avec l’espoir de trouver une solution viable pour toutes les parties concernées. Elle rencontra les représentants du Patriarcat de Moscou ainsi que les autorités de l’Etat Estonien, le Président Lennart Meri et le Premier Ministre Tiit Vähi. A l’issue des pourparlers on laissa entendre que le Patriarcat Oecuménique acceptera d’accueillir les Orthodoxes estoniens qui le désiraient, tout en permettant aux autres de rester dans la juridiction du Patriarcat de Moscou.
Le 22 février 1996, le Patriarcat Oecuménique annonça sa décision de réactiver le Tomos d’Autonomie de 1923, laquelle décision fut lue officiellement deux jours plus tard, le 24 février, au cours d’une célébration en l’église de la Transfiguration de Tallinn, l’Archevêque de Finlande Jean fut désigné comme locum tenens jusqu’à l’élection du nouveau Métropolite de Tallinn et de toute l’Estonie.
La réaction du Patriarcat de Moscou fut brutale et totalement disproportionnée : il rompit la communion avec Constantinople, laquelle fut restaurée après l’accord de Zurich du 16 mai 1996.